| 和 名 | 学 名 |
| 絶滅（EX) | |
| クニマス | Oncorhynchus nerka kawamurae |
| スワモロコ | Gnathopogon elongatus suwae |
| ミナミトミヨ | Pungitius kaibarae |
| 絶滅危惧IA類(CR) | |
| リュウキュウアユ | Plecoglossus altivelis ryukyuensis |
| アリアケシラウオ | Salanx ariakensis |
| アリアケヒメシラウオ | Neosalanx reganius |
| ヒナモロコ | Aphyocypris chinensis |
| ウシモツゴ | Pseudorasbora pumila subsp. |
| ミヤコタナゴ | Tanakia tanago |
| イタセンパラ | Acheilognathus longipinnis |
| ニッポンバラタナゴ | Rhodeus ocellatus kurumeus |
| アユモドキ | Leptobotia curta |
| スイゲンゼニタナゴ | Rhodeus atremius suigensis |
| ムサシトミヨ | Pungitius sp.1 |
| イバラトミヨ雄物型 | Pungitius sp.2 |
| タイワンキンギョ | Macropodus opercularis |
| ウラウチフエダイ | Lutjanus goldiei |
| コマチハゼ | Parioglossus taeniatus |
| マイコハゼ | Parioglossus lineatus |
| ミスジハゼ | Callogobius sp. |
| クロトサカハゼ | Cristatogobius nonatoae |
| ヒメトサカハゼ | Cristatogobius sp.2 |
| タスキヒナハゼ | Redigobius balteatus |
| コンジキハゼ | Glossogobius aureus |
| アゴヒゲハゼ | Glossogobius bicirrhosus |
| キセルハゼ | Chaenogobius cylindricus |
| ドウクツミミズハゼ | Luciogobius albus |
| カエルハゼ | Sicyopus leprurus |
| アカボウズハゼ | Sicyopus zosterophorum |
| ヨロイボウズハゼ | Lentipes armatus |
| ハヤセボウズハゼ | Stiphodon stevensoni |
| トカゲハゼ | Scartelaos histophorus |
| 絶滅危惧IB(EN) | |
| イトウ | Hucho perryi |
| ウケクチウグイ | Tribolodon sp. |
| カワバタモロコ | Hemigrammocypris rasborella |
| アブラヒガイ | Sarcocheilichthys biwaensis |
| シナイモツゴ | Pseudorasbora pumila pumila |
| イチモンジタナゴ | Acheilognathus cyanostigma |
| ゼニタナゴ | Acheilognathus typus |
| スジシマドジョウ小型種 | Cobitis sp.2 |
| イシドジョウ | Cobitis takatsuensis |
| ホトケドジョウ | Lefua echigonia |
| ナガレホトケドジョウ | Lefua sp. |
| ネコギギ | Pseudobagrus ichikawai |
| ニセシマイサキ | Mesopristes argenteus |
| ヨコシマイサキ | Mesopristes cancellatus |
| シミズシマイサキ | Mesopristes sp. |
| ツバサハゼ | Rhyacichthys aspro |
| タメトモハゼ | Ophieleotris sp. |
| タナゴモドキ | Hypseleotris cyprinoides |
| トサカハゼ | Cristatogobius sp.1 |
| エソハゼ | Schismatogobius roxasi |
| シマエソハゼ | Schismatogobius ampluvinculus |
| キバラヨシノボリ | Rhinogobius sp.YB |
| アオバラヨシノボリ | Rhinogobius sp.BB |
| オガサワラヨシノボリ | Rhinogobius sp.BI |
| エドハゼ | Chaenogobius macrognathos |
| クボハゼ | Chaenogobius scrobiculatus |
| チクゼンハゼ | Chaenogobius uchidai |
| ルリボウズハゼ | Sicyopterus macrostetholepis |
| タビラクチ | Apocryptodon punctatus |
| 絶滅危惧II類(VU) | |
| スナヤツメ | Lethenteron reissneri |
| エツ | Coilia nasus |
| セボシタビラ | Acheilognathus tabira subsp.2 |
| カゼトゲタナゴ | Rhodeus atremius atremius |
| スジシマドジョウ大型種 | Cobitis sp.1 |
| エゾホトケドジョウ | Lefua nikkonis |
| ギバチ | Pseudobagrus tokiensis |
| アカザ | Liobagrus reini |
| メダカ | Oryzias latipes |
| ナガレフウライボラ | Crenimugil heterocheilos |
| ヤエヤマノコギリハゼ | Butis amboinensis |
| ジャノメハゼ | Bostrychus sinensis |
| キララハゼ | Acentrogobius viridipunctatus |
| シンジコハゼ | Chaenogobius sp.3 |
| ミナミアシシロハゼ | Acanthogobius insularis |
| ムツゴロウ | Boleophthalmus pectinirostris |
| ヤマノカミ | Trachidermis fasciatus |
| ウツセミカジカ | Cottus reinii |
| 準絶滅危惧(NT) | |
| シベリアヤツメ | Lethenteron kessleri |
| ミヤベイワナ | Salvelinus malma miyabei |
| オショロコマ | Salvelinus malma krascheninnikovi |
| ビワマス | Oncorhynchus masou subsp. |
| ヤチウグイ | Phoxinus percnurus sachalinensis |
| タナゴ | Acheilognathus melanogaster |
| アリアケギバチ | Pseudobagrus aurantiacus |
| エゾトミヨ | Pungitius tymensis |
| オヤニラミ | Coreoperca kawamebari |
| アカメ | Lates japonicus |
| イサザ | Chaenogobius isaza |
| シロウオ | Leucopsarion petersii |
| 情報不足(DD) | |
| ミツバヤツメ | Entosphenus tridentatus |
| イシカリワカサギ | Hypomesus olidus |
| ヤマナカハヤ | Phoxinus lagowskii yamamotis |
| イドミミズハゼ | Luciogobius pallidus |
| ネムリミミズハゼ | Luciogobius dormitoris |
| 絶滅のおそれのある地域個体群(LP) | |
| 西中国地方のイワナ（ゴギ） | Salvelinus leucomaenis imbrius |
| 紀伊半島のイワナ（キリクチ） | Salvelinus leucomaenis japonicus |
| 無斑型が混在する関東地方のヤマメ | Oncorhynchus masou masou |
| 無斑型（イワメ)が混在する西日本のアマゴ個体群 | Oncorhynchus masou ishikawae |
| 山陰地方のアカヒレタビラ | Acheilognathus tabira subsp.1 |
| 大阪府のアジメドジョウ | Niwaella delicata |
| 福島以南の陸封イトヨ類（ハリヨを含む) | Gasterosteus aculeatus complex |
| 沖縄島のタウナギ | Monopterus albus |
| 関東地方のジュズカケハゼ | Chaenogobius laevis |
| 琉球列島のミミズハゼ | Luciogobius guttatus |
| 沖縄島のマサゴハゼ | Pseudogobius masago |
| 東京湾奥部のトビハゼ | Periophthalmus modestus |
| 沖縄島のトビハゼ | Periophthalmus modestus |
| 東北地方のハナカジカ | Cottus nozawae |
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